农村房屋拆迁是一项重要的改革举措，旨在推动农村经济发展和城乡一体化建设。然而，在进行农村房屋拆迁时，有些农民面临着一个棘手的问题，那就是他们的房屋拥有合法的营业执照。那么，当农村房屋拆迁涉及到有营业执照的情况时，该如何补偿呢?

首先，我们需要明确一点：农村房屋拆迁中拥有营业执照的房屋属于一种特殊情况。因为这些房屋不仅仅是居住的地方，还是农民的经济来源。在进行拆迁时，政府部门需要对这种情况给予特殊考虑和合理补偿。

对于拥有营业执照的农村房屋，补偿方式可以多样化。下面将详细介绍几种主要的补偿方式：

1. 给予货币补偿：对于拥有营业执照的农户，可以根据其房屋的价值和拆迁前的经营情况，给予一定数额的货币补偿。这样，农民可以利用这笔钱在其他地方继续经营或寻找发展机会。

2. 提供经营权转移：政府部门可以将拥有营业执照的农户的经营权转移到其他地方，为他们提供一个新的发展机会。这样，农户可以在其他地区继续经营，保留其营业执照，并获得相应的经营补偿。

3. 提供其他福利政策支持：除了货币补偿和经营权转移，政府还可以提供其他福利政策支持，例如为农户提供就业机会、培训机会、创业扶持政策等。这些政策可以帮助农户在拆迁后有更好的发展。

需要注意的是，对于拥有营业执照的农村房屋的补偿方式应该符合相关的法律法规和政策规定。政府部门需要与当事人进行积极的沟通和协商，了解其经营情况和发展需求，为其提供个性化的补偿方案。

此外，政府部门还应建立健全的监管机制，确保农户在拆迁过程中的权益得到维护。相关部门可以设置投诉举报电话，及时处理农民的问题和诉求，保证拆迁过程的公正和公平。

综上所述，当农村房屋拆迁涉及到拥有营业执照的情况时，政府应该根据实际情况给予合理的补偿。货币补偿、经营权转移和其他福利政策支持都可以作为补偿方式的选择。在拆迁过程中，政府部门需要与当事人充分沟通和协商，保证其权益得到维护。只有这样，农村房屋拆迁才能顺利进行，实现城乡一体化建设的目标。