逾期办证违约金是否适用诉讼时效，首先取决于我国民事法律对诉讼时效制度的规定，特别是《中华人民共和国民法典》(以下简称《民法典》)中的相关规定。以下是对此问题的专业解答：

一、诉讼时效的基本概念

诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。

二、关于逾期办证违约金的性质

逾期办证违约金通常被视为一种债权请求权，因为它基于合同双方之间的约定，一方未能按约定期限办理相关证件，另一方有权请求其支付违约金。因此，逾期办证违约金的请求权原则上应当适用诉讼时效制度。

三、法律规定与案例分析

《民法典》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”这意味着，除非法律另有规定，否则逾期办证违约金的诉讼时效期间通常为三年。

在司法实践中，各地法院对于逾期办证违约金是否适用诉讼时效的问题存在一定的差异。一些法院认为，由于逾期办证违约金具有连续性，因此应当从最后一次逾期办证之日起计算诉讼时效;而另一些法院则认为，每一期违约金均独立产生，应当分别计算诉讼时效。

四、专业建议

当事人在签订合同时，应明确约定逾期办证违约金的计算方式、支付期限以及是否适用诉讼时效等相关事项，以避免未来发生争议。

在发生逾期办证违约行为时，权利人应及时向义务人主张权利，并保留相关证据，以便在必要时向法院提起诉讼。

在具体案件中，当事人应咨询专业律师，根据当地的法律规定和司法实践，确定逾期办证违约金是否适用诉讼时效以及诉讼时效的计算方式等问题。

由于不同地区的法律存在差异，当事人在处理相关问题时，应充分了解当地的法律规定和司法实践，以确保自己的权益得到保护。

总之，逾期办证违约金是否适用诉讼时效需要根据具体情况进行分析。在处理相关问题时，当事人应充分了解法律规定和司法实践，并咨询专业律师的意见。