随着城市发展的不断推进，企业拆迁已成为当今社会经济中一个普遍存在的现象。而在企业拆迁过程中，员工的权益保护显得尤为重要。其中，员工补偿款即是保障员工利益的一项关键内容。很多员工对于企业拆迁中员工补偿款的归属产生了疑问，究竟是哪个部门负责发放补偿款呢？下面将详细解析这个问题。

首先，需要明确的是企业拆迁是由政府主导的一项工作，因此与政府相关的部门是最终负责发放员工补偿款的机构。具体来说，通常是由市、区、县三级政府的财政部门或发展改革委员会负责。

在企业拆迁的过程中，需要编制一份拆迁方案，包括详细的拆迁范围、补偿标准等内容。这份拆迁方案需要经过政府相关部门的批准后才能执行。根据拆迁方案，政府部门会对拆迁企业的员工进行登记，并核算出每位员工应该获得的补偿金额。

一般情况下，员工补偿款主要包括两部分内容：一是基本补偿款，二是补偿增加费。基本补偿款是根据员工在企业中的工作年限、岗位和工资等因素计算得出的一笔固定金额。而补偿增加费则是根据企业的收益和发展情况、员工的岗位等因素进行计算的，目的是为了弥补员工在拆迁后可能失去的发展机会。

一旦拆迁方案获得批准，政府部门会正式与拆迁企业进行补偿款的结算工作。通常情况下，政府会将补偿款直接拨付给企业，而由企业负责具体将补偿款发放给员工。这是因为企业更加了解员工的具体情况，可以更好地为员工提供个性化的补偿服务。

需要特别指出的是，企业拆迁员工补偿款的发放并非一蹴而就的过程。有时候，由于拆迁涉及的程序较多，补偿款的发放可能会有一定的延迟。但政府部门和企业会尽力保障员工的权益，确保补偿款能够及时到位。

综上所述，企业拆迁员工补偿款由政府相关部门最终发放，一般是市、区、县三级政府的财政部门或发展改革委员会负责。而具体将补偿款发放给员工的责任则落在了企业身上。政府和企业将共同努力，确保员工补偿款能够及时到位，保障员工的合法权益。