开发商逾期办证90天，房屋持有人的权益确实受损了。以下是对这一问题的详细分析：

　　一、产权法律保护缺失

　　法律依据：根据我国《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。房产证是购房者取得房产产权的重要凭证，也是依法对房产行使占有、使用、收益和处分权利的基础。

　　影响分析：开发商逾期办证90天，意味着房屋在法律上并未完成登记手续，因此房屋持有人的产权在此期间不受法律保护。如果发生任何产权纠纷，如开发商因债务问题被法院强制执行，其名下的未过户房产可能被变卖，这将直接损害房屋持有人的权益。

　　二、限制房屋相关权益的行使

　　影响范围：没有房产证，房屋持有人将无法进行房屋的买卖、交换、租赁以及抵押等操作。这些操作都是房屋持有人对房屋进行自由处置的重要方式，逾期办证限制了这些权益的行使。

　　实际操作：在逾期办理房产证期间，即使房屋持有人有出售、租赁等需求，也可能因缺乏房产证而无法进行合法交易，影响其资产流动性和收益。

　　三、增加后续办理难度与成本

　　办理难度：逾期办理房产证期间，可能出现资料遗失、开发商退出房地产市场等情况，这将给后续办理房产证增加难度。房屋持有人可能需要花费更多的时间和精力去补齐资料，甚至可能面临无法办理的风险。

　　潜在成本：在逾期办理房产证过程中，还可能产生额外的费用，如滞纳金、律师费、诉讼费等。这些费用将增加房屋持有的成本，对房屋持有人造成经济负担。

　　四、影响贷款与税费

　　贷款申请：在贷款申请过程中，银行通常会要求提供房产证作为抵押物证明。逾期办理房产证可能影响贷款的审批进度，甚至导致贷款申请被拒绝。即使获得贷款，也可能因房产证问题而面临更高的利率或更严格的担保要求。

　　税费问题：逾期办理房产证还可能导致税务机关对户主征收滞纳金。此外，在房屋出售时，若房产证未满一定年限(如5年)，可能需要缴纳更高的税费，影响房屋的售价和持有人的收益。

　　五、法律依据与维权建议

　　法律依据：《商品房销售管理办法》、《城市房地产开发经营管理条例》等法规均对开发商办理房产证的时间进行了明确规定，并规定了开发商逾期办证的违约责任。

　　维权建议：房屋持有人可以通过以下方式维护自身权益：一是及时与开发商沟通，了解其逾期办证的具体原因，并督促其尽快办理;二是保留好与开发商的沟通记录、购房合同、付款凭证等相关证据;三是咨询专业律师或机构，了解相关法律法规和解决方案;四是依据购房合同和相关法律法规追究开发商的违约责任并寻求合理赔偿。

　　综上所述，开发商逾期办证90天确实损害了房屋持有人的权益。房屋持有人应积极采取措施维护自身权益，确保自身合法权益不受侵害。